Säsong tre av heroes består av två delar: Volume 1: Villains handlar, som man skulle kunna tro, framförallt om ett stort gäng skurkar, med Sylar i spetsen. Volume 3: Fugitives är de absolut bästa tolv avsnitten i seriens historia. Genom att Nathan Petrelli går till presidenten med vad han vet sätts en specialstyrka ihop med syfte att jaga ner alla människor med superkrafter.