Säsong 5 innehåller en hel del överraskningar som gör den väldigt spännande. Men mest iögonfallande är Jacks personlighetsutveckling. Han har tidigare varit en helyllekille som stundtals får väldigt korkade idéer. Nu är han alkoholiserad och deprimerad. Genom att visa Jacks mörka sidor blir han för första gången intressant att följa.

Storyn kretsar dels kring The Oceanic Six som försöker ta sig tillbaka till ön. Dessutom följer vi de som stannat kvar på ön vilka inledningsvis studsar runt i tiden ända tills de landar i 70-talet, mitt i Dharma Initiatives kolonisering av ön.